Gedung dibangun sebagai pengganti Gedung Jago yang berlokasi di lokasi Galeria Mall saat ini (2014). Ketika Gedung Jago tidak lagi dirasa cukup untuk tempat beribadah, maka gedung gereja baru dibangun. Gedung diresmikan pada 11 Desember 1930 untuk GKJ GONDOKUSUMAN. Gedung gereja tersebut diresmikan oleh pendeta pertama GKJ GONDOKUSUMAN Pdt. Sularso Sopater. Tahun 2013, Gedung GKJ GONDOKUSUMAN menjadi Warisan Budaya Kota Yogyakarta karena keunikan bentuk gedung yang sudah berumur 100th. Kondisinya yang terawat lengkap dengan kursi kayu anyaman bambu serta kayu-kayu tua sebagai altar menjadikan gedung ini secara utuh sebagai Warisan Budaya yang patut untuk dilestarikan.